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Python基础

0.0 Bohrium Notebook: Python与科学计算(上)

0.1 Bohrium Notebook: Python与科学计算(下)

0.2 Jupyter Notebook: Python探索分形几何

第一章 数学基础

1.1.2 矩阵本征值计算程序:eigenValue.py

1.1.3 矩阵LU分解程序:LUdecomposition.py

1.1.3 矩阵奇异值分解程序:SVD.py

1.2.1 test.py

1.3.1 视频教程: 最速下降法

1.3.1 视频教程: 最速下降法Python实现

1.3.1 Jupyter Notebook: 最速下降法Python实现.ipynb

1.3.6 高阶最小二乘Python代码:PolyLeastSquaresFitting.py

1.5.3 代码simpsonIntegral.py

第二章 量子力学和固体物理基础

2.1.2 视频教程: 薛定谔方程

2.1.5 视频教程: 一维无穷深势阱

2.1.5 视频教程: 一维势阱的节点定理

第三章 第一原理的微观计算模拟

3.1.12 视频教程: Slater基和Gauss基

3.1.12 Jupyter Notebook: Slater基与Gauss基 [Bohrium镜像]

第四章 VASP计算模拟实例

4.1 VASP程序介绍

视频教程:如何在Ubuntu下编译安装并行版的VASP

视频教程: 如何用Intel OneAPI编译并行版的VASP

4.3 视频教程: VASPKIT软件介绍

4.4 视频教程:氢原子能量的VASP计算

输入文件 INCAR POSCAR KPOINTS

4.4 视频教程: 氧原子能量的VASP计算

VASP输入文件 INCAR POSCAR KPOINTS

4.4 视频教程: 氧分子结合能与电荷重分布的VASP计算

输入文件 INCAR POSCAR KPOINTS

4.5 C2H5OH的振动模式与频率计算

4.5.2 视频教程:Jmol可视化乙醇分子的振动频率模式

4.12 视频教程: 用Materials_Studio和ASE构建表面模型

4.12 视频教程: 对称模型表面能的VASP计算

VASP输入文件:INCAR POSCAR KPOINTS

4.12 视频教程: 非对称模型表面能的VASP计算

VASP输入文件: 1. 非弛豫 INCAR POSCAR KPOINTS
2. 弛豫 INCAR POSCAR KPOINTS

4.12 视频教程: 基于表面能的纳米颗粒Wulff构建

第六章 分子动力学方法

6.1 视频教程: 分子动力学简介

6.1.1 视频教程: 分子动力学基本步骤

6.1.3 视频教程: 什么是周期性边界条件

6.1.3 视频教程: 周期性边界条件的Python实现

6.1.3 Jupyter Notebook: 周期性边界条件的代码实现.ipynb

6.1.4 视频教程: 近邻列表算法

6.2.1 视频教程: Lennard-Jones势

6.2.1 视频教程: 对势的截断

6.2.1 视频教程: LJ势的Python实现

6.2.1 Jupyter Notebook: LJ势的Python实现.ipynb [Bohrium镜像]

6.2.1 视频教程: 对势的局限性

6.3.1 视频教程:前向Euler算法

6.3.1 视频教程:前向Euler的Python实现

Jupyter Notebook: 一维谐振子的前向Euler算法.ipynb

6.3.2 视频教程:Verlet算法介绍

6.3.2 视频教程:Verlet算法精度讨论

6.3.2 视频教程: Verlet算法的Python实现

6.3.2 Jupyter Notebook: 一维谐振子的Verlet算法.ipynb

6.3.3 视频教程: Velocity Verlet算法介绍

6.3.3 Jupyter Notebook: 一维谐振子的Velocity Verlet算法.ipynb

6.3.4 视频教程: Leapfrog算法介绍

Jupyter Notebook: 一维谐振子的Leapfrog算法.ipynb

6.3.4 视频教程: 积分算法的时间可逆性

6.3.4 视频教程: 积分算法的辛结构

6.3.4 Jupyter Notebook: 分子动力学中的积分算法.ipynb [Bohrium镜像]

第七章 LAMMPS计算模拟实例

7.1 视频教程:LAMMPS安装教程

7.1 视频教程: Bohrium平台上跑LAMMPS

7.2 视频教程: OVITO安装教程

7.3 惰性气体的扩散运动与平衡速率分布

LAMMPS输入文件: in.diffusion

7.3 视频教程: LAMMPS中的LJ单位制

7.3 视频教程: 气体分子扩散的LAMMPS模拟

7.3 Jupyter Notebook: Ar的晶格常数计算.ipynb [Bohrium镜像]

7.4 气体分子的布朗运动

LAMMPS输入文件: in.brownian

7.4 视频教程: 布朗运动的分子动力学模拟和OVITO可视化

7.5 视频教程: 大质量粒子的二维布朗运动

LAMMPS输入文件: in.bigMassBrownian

7.6 视频教程: 材料的热膨胀系数计算

LAMMPS输入文件: in.expansion

7.7 视频教程: 体积比热容的计算

LAMMPS输入文件:in.Cv

7.9 视频教程: Ni裂纹扩展机理计算

LAMMPS输入文件: Ni_crack.in Ni_u3.eam

7.10 视频教程:LiS电池体积膨胀的模拟

LAMMPS输入文件:

7.12 视频教程:Lindemann指数计算Pt纳米颗粒熔点

LAMMPS输入文件:in.PtNP_melt

Python代码:Lindemann.py

7.16 视频教程:SiGe纳米线的建模

7.20 视频教程(手把手系列): 纳米孔浸润过程模拟

7.20 LAMMPS输入文件: in.SNTCw data.snt30-w

第八章 蒙特卡洛(罗)方法

8.1 视频教程: 蒙特卡洛随即撒点与蒲丰投针

8.2.2 视频教程: 蒙特卡洛重要性采样

8.2.2 视频教程: 蒙特卡洛重要性采样Python实现

8.2.2 Jupyter Notebook: 蒙特卡洛重要性采样方法实例 [Bohrium镜像]