Python基础
0.0 Bohrium Notebook: Python与科学计算（上）
0.1 Bohrium Notebook: Python与科学计算（下）
0.2 Jupyter Notebook: Python探索分形几何
第一章 数学基础
1.1.2 矩阵本征值计算程序：eigenValue.py
1.1.3 矩阵LU分解程序：LUdecomposition.py
1.1.3 矩阵奇异值分解程序：SVD.py
1.2.1 test.py
1.3.1 视频教程： 最速下降法
1.3.1 视频教程： 最速下降法Python实现
1.3.1 Jupyter Notebook: 最速下降法Python实现.ipynb
1.3.6 视频教程： 线性回归与最小二乘
1.3.6 视频教程：最小二乘的Python实现
1.3.6 Jupyter Notebook: 线性回归与最小二乘.ipynb [Bohrium镜像]
数据文件 income.csv
1.3.6 高阶最小二乘Python代码：PolyLeastSquaresFitting.py
1.5.3 代码simpsonIntegral.py
第二章 量子力学和固体物理基础
2.1.2 视频教程： 薛定谔方程
2.1.4 视屏教程：动量算符
2.1.5 视频教程： 一维无穷深势阱
2.1.5 视频教程： 一维势阱的节点定理
第三章 第一原理的微观计算模拟
3.1.4 视频教程： 多电子波函数与Hartree乘积
3.1.4 视频教程：Slater行列式与交换关联
3.1.4 视频教程：单电子积分
3.1.4 视频教程： Hartree-Fock方法中的双电子积分
3.1.5 视频教程： Hartree-Fock近似下的总能表达式
3.1.5 视频教程： 非正则Hartree-Fock方程
3.1.5 视频教程：正则Hartree-Fock方程
3.1.7 视频教程：闭壳层体系中的Hartree-Fock方程
3.1.9 视频教程： Hartree-Fock-Roothaan方程
3.1.10 视频教程： Koopmans定理
3.1.11 视频教程： 均匀电子气模型动能项
3.1.12 视频教程： Slater基和Gauss基
3.1.12 Jupyter Notebook: Slater基与Gauss基.ipynb [Bohrium镜像]
3.1.12 视频教程： 缩并高斯基和STO-nG基组命名法则
3.1.12 Jupyter Notebook: 缩并高斯基系数确定.ipynb [Bohrium镜像]
第四章 VASP计算模拟实例
4.1 VASP程序介绍
视频教程： 如何用Intel OneAPI编译并行版的VASP
4.3 视频教程： VASPKIT软件介绍
4.4 视频教程：氢原子能量的VASP计算
4.4 视频教程： 氧原子能量的VASP计算
4.4 视频教程： 氧分子结合能与电荷重分布的VASP计算
4.5 C2H5OH的振动模式与频率计算
4.5.2 视频教程：Jmol可视化乙醇分子的振动频率模式
4.6 视频教程：
bash脚本：lattice_constant.sh
4.12 视频教程： 用Materials_Studio和ASE构建表面模型
4.12 视频教程： 对称模型表面能的VASP计算
4.12 视频教程： 非对称模型表面能的VASP计算
VASP输入文件： 1. 非弛豫 INCAR POSCAR KPOINTS
2. 弛豫 INCAR POSCAR KPOINTS
4.12 视频教程： 基于表面能的纳米颗粒Wulff构建
4.14 视频教程： Pt金属表面CO的吸附能计算
VASP输入文件： INCAR KPOINTS POSCAR
4.14 视频教程：CO吸附的零点能校正
第六章 分子动力学方法
6.1 视频教程： 分子动力学简介
6.1.1 视频教程： 分子动力学基本步骤
6.1.2 视频教程：分子动力学的Lyapunov不稳定性
6.1.2 Jupyter Notebook: 三体问题Lyapunov不稳定性.ipynb [Bohrium镜像]
6.1.2 视频教程： 各态历经假说
6.1.3 视频教程： 什么是周期性边界条件
6.1.3 视频教程： 周期性边界条件的Python实现
6.1.3 Jupyter Notebook: 周期性边界条件的代码实现.ipynb
6.1.4 视频教程： 近邻列表算法
6.2.1 视频教程： Lennard-Jones势
6.2.1 视频教程： 对势的截断
6.2.1 视频教程： LJ势的Python实现
6.2.1 Jupyter Notebook: LJ势的Python实现.ipynb [Bohrium镜像]
6.2.1 视频教程： 对势的局限性
6.3.1 视频教程：前向Euler算法
6.3.1 视频教程：前向Euler的Python实现
Jupyter Notebook: 一维谐振子的前向Euler算法.ipynb
6.3.2 视频教程：Verlet算法介绍
6.3.2 视频教程：Verlet算法精度讨论
6.3.2 视频教程： Verlet算法的Python实现
6.3.2 Jupyter Notebook: 一维谐振子的Verlet算法.ipynb
6.3.3 视频教程： Velocity Verlet算法介绍
6.3.3 Jupyter Notebook: 一维谐振子的Velocity Verlet算法.ipynb
6.3.4 视频教程： Leapfrog算法介绍
Jupyter Notebook: 一维谐振子的Leapfrog算法.ipynb
6.3.4 视频教程： 积分算法的时间可逆性
6.3.4 视频教程： 积分算法的辛结构
6.3.4 Jupyter Notebook: 分子动力学中的积分算法.ipynb [Bohrium镜像]
6.4.1 视频教程： Berendsen热浴
第七章 LAMMPS计算模拟实例
7.1 视频教程：LAMMPS安装教程
7.1 视频教程： Bohrium平台上跑LAMMPS
7.2 视频教程： OVITO安装教程
7.3 惰性气体的扩散运动与平衡速率分布
LAMMPS输入文件： in.diffusion
7.3 视频教程： LAMMPS中的LJ单位制
7.3 视频教程： 气体分子扩散的LAMMPS模拟
7.3 Jupyter Notebook: Ar的晶格常数计算.ipynb [Bohrium镜像]
7.4 气体分子的布朗运动
LAMMPS输入文件: in.brownian
7.4 视频教程： 布朗运动的分子动力学模拟和OVITO可视化
7.5 视频教程： 大质量粒子的二维布朗运动
LAMMPS输入文件： in.bigMassBrownian
7.6 视频教程： 材料的热膨胀系数计算
LAMMPS输入文件： in.expansion
7.7 视频教程： 体积比热容的计算
LAMMPS输入文件：in.Cv
7.7 视频教程：涨落-耗散定理计算体积比热容
LAMMPS输入文件：in_fluctuation.lmp
7.8 视频教程： PyLAMMPS安装教程
7.8 视频教程： phonoLAMMPS和phonopy安装教程
7.8 视频教程： Cu的声子谱计算
7.9 视频教程： Ni裂纹扩展机理计算
LAMMPS输入文件: Ni_crack.in Ni_u3.eam
7.10 视频教程：LiS电池体积膨胀的模拟
LAMMPS输入文件：
7.12 视频教程：Lindemann指数计算Pt纳米颗粒熔点
LAMMPS输入文件：in.PtNP_melt
Python代码：Lindemann.py
7.14 视频教程： 氢原子扩散系数的LAMMPS计算
LAMMPS输入文件： in.diff library.meam FeH.meam
7.16 视频教程：SiGe纳米线的建模
Pearl脚本：disorder_SiGe.pl
7.17 视频教程： 多元合金的atomsk手把手建模
7.20 视频教程（手把手系列）： 纳米孔浸润过程模拟
7.20 LAMMPS输入文件： in.SNTCw data.snt30-w
第八章 蒙特卡洛（罗）方法
8.1 视频教程： 蒙特卡洛随即撒点与蒲丰投针
8.2.2 视频教程： 蒙特卡洛重要性采样
8.2.2 视频教程： 蒙特卡洛重要性采样Python实现
8.2.2 Jupyter Notebook: 蒙特卡洛重要性采样方法实例.ipynb [Bohrium镜像]
8.2.2 视频教程：拒绝采样算法
8.2.2 Jupyter Notebook: 拒绝采样法.ipynb [Bohrium镜像]
8.2.3 视频教程： 马尔科夫链
8.2.3 视频教程：马尔科夫链的Python实现
8.2.3 视频教程：Metropolis采样算法
8.2.3 视频教程：Metropolis采样Python实现
8.5.2 视频教程：二维Ising模型Python实现
8.5.2 Jupyter Notebook：二维Ising模型.ipynb [Bohrium镜像]
8.6.1 视频教程：动力学蒙特卡洛基本原理
8.6.2 视频教程：KMC方法的时间步长
8.6.3 视频教程：过渡态理论
8.7 视频教程：SPPARKS程序安装