在GaussView中建立自己的模型面板
GaussView3.x版本中有五個模型面板（見下圖），分別是元素模型、環結構模型、R基模型、生物分子模型和自定義模型。
GaussView
點擊上圖所示的每個模型的按鈕，就會彈出一個模型面板（見下圖），上面列出各種GaussView自帶的模型，點擊某個模型，你就能在窗口中添加該分子片斷。
GaussView
然而畢竟GaussView自帶的模型種類和數目有限，因此GaussView提供了自定義模型按鈕（即上述第五個）。其添加自定義分子模型的方法很簡單，下面以立方烷為例說明：
首先, 用GaussView打開立方烷分子的文件。
然后，點擊自定義模型按鈕打開自定義面板（見下圖），填入該模型的名稱、標題以及按鈕提示文字。最后點擊“Save”按鈕保存。
GaussView
這時你會發現，在GaussView的安裝路徑的根目錄下會出現一個“customfrag.ftb”文件和一個“fragment”目錄。前者記錄了自定義模型面板的當前設置，如本例：
# Custom Fragment Table
# Format: name buttontext fragment
#
nItems = 1 defaultItem = -1
"cubane" "cubane" "cubane.frg"
而“fragment”目錄下的文件中則記錄了剛才新建的分子結構的名稱信息、笛卡爾坐標、激活原子以及鍵連方式。如本例的“cubane.frg”文件：
cubane
16
6 0.7794436767 -0.7794436767 0.7794436767 HOT
6 -0.7794436767 0.7794436767 -0.7794436767
1 1.4035876191 -1.4035876191 1.4035876191
1 -1.4035876191 1.4035876191 -1.4035876191
6 0.7794436767 -0.7794436767 -0.7794436767
6 0.7794436767 0.7794436767 0.7794436767
6 -0.7794436767 -0.7794436767 0.7794436767
6 -0.7794436767 0.7794436767 0.7794436767
6 -0.7794436767 -0.7794436767 -0.7794436767
6 0.7794436767 0.7794436767 -0.7794436767
1 1.4035876191 -1.4035876191 -1.4035876191
1 1.4035876191 1.4035876191 1.4035876191
1 -1.4035876191 -1.4035876191 1.4035876191
1 -1.4035876191 1.4035876191 1.4035876191
1 -1.4035876191 -1.4035876191 -1.4035876191
1 1.4035876191 1.4035876191 -1.4035876191
20
1 3 1
1 5 1
1 6 1
1 7 1
2 4 1
2 8 1
2 9 1
2 10 1
5 9 1
5 10 1
5 11 1
6 8 1
6 10 1
6 12 1
7 8 1
7 9 1
7 13 1
8 14 1
9 15 1
10 16 1
然而，GaussView的這個自定義模型面板也有其不足之處：
1. 不能像其他模型面板那樣擁有直觀的圖形化的模型按鈕。
2. 無法將自定義分類。
為了彌補上述不足，下面就向大家介紹一下如何在其他固有面板中添加自定義的模型。為簡單和清楚起見，我們以向環結構面板中添加立方烷模型為例。
1. 利用自定義模型面板添加立方烷模型，其方法在上面我已經介紹了。
2. 然后，將上述的“cubane.frg”文件拷貝到GaussView安裝目錄下的“data\rings\fragments”子目錄中。
3. 用文本編輯器打開“data\rings”子目錄中的rings.ftb文件，作如下修改：
(1) 將“nItems = ”后面數字增加1，本例中改為“nItems = 37”
(2) 在文件末尾新添一行，內容如下：
"cubane" cubane.xbm cubane.frg 6 0
注意最后兩個數字“6 0”表示新建的按鈕在面板的第7行第1列（以0開始計數）。
4. 最后，我們需要做的是為我們的模型制作按鈕圖片。下面我要詳細講講。
GaussView中模型面板中的按鈕圖片大小是65*65像素，格式是xbm圖片。Xbm是一種比較古老的圖片格式，用過去的IE瀏覽器可以打開。但SP2以后版本的IE瀏覽器則不再支持xbm圖片了，因為xbm格式缺乏錯誤檢查，會產生安全漏洞。不過，有些圖形軟件是支持xbm圖片的轉換的。好了，言歸正傳，還是來說說怎么為我們的立方烷結構做模型圖片吧。
首先用ChemDraw畫好立方烷結構，幸好，ChemDraw自帶有立方烷模型，一切都是現成的。然后將它保存成bmp格式的“cubane.bmp”文件。用畫圖板將“cubane.bmp”文件大小調整為65*65像素。
然后，用bmp2xbm程序（原程序見文末附錄）將“cubane.bmp”文件轉成“cubane.xbm”文件。bmp2xbm程序是我利用別人的程序稍作修改的，使用方法很簡單，在DOS下使用命令：
bmp2xbm cubane.bmp
5. 將cubane.xbm復制到目錄下，退出并重啟GaussView。
這時，打開環結構模型面板，你就會看到多處一個立方烷的按鈕了，如下圖所示：
GaussView
附：bmp2xbm源代碼（C語言）：
/****************************************************
** bmp2xbm.c **
** Windows Bitmap -> X Bitmap converter **
** version 1.22 copyright SAKAMOTO Hirokazu **
** Last update 2001/08/24 **
** Modified by yangwang2008@gmail.com 07/01/31 **
****************************************************/
#include
#include
#include
#include
#include
#define THRESHOLD 128
long biny(char *cin, int len)
{
int i;
long p,j;
p=0;
j=1;
for(i=0; i
return p;
}
int write_image(char *outfname, const char *img, int xs, int ys)
{
int y,x,i,px;
FILE *fp;
unsigned char moji;
const char *p;
fp = fopen(outfname,"w");
if(fp==NULL){
printf("cannot open outfile.\n");
return -1;
}
i = strlen(outfname);
if(i<=0) return -2;
while(outfname[i]!='.' && i>0) i--;
if(i!=0) outfname[i]='\0';
else{ printf("outfilename \"%s\" non *.xbm",outfname); return -1; }
fprintf(fp,"#define %s_width %d\n",outfname,xs);
fprintf(fp,"#define %s_height %d\n",outfname,ys);
fprintf(fp,"static unsigned char %s_bits[] = {",outfname);
px=12;
for(y=0;y
for(x=0;x
if(px==12){
fputs("\n ",fp);
px=0;
}
p = img+xs*y+x;
moji=0;
for(i=x+7
fprintf(fp," 0x%02x,",moji);
}
}
fseek(fp,-1,SEEK_CUR);
fputs("};\n",fp);
fclose(fp);
return 0;
}
int main(int argc,char **argv)
{
int i,j,xs,ys,l,k,t,x,y;
int cut=THRESHOLD, var=0, block=0, sha=0, sham=0, dist=0, opp=0;
char infname[256]="", outfname[256]="", c, cin[20];
char *uimg;
int mos=0, set;
int *wimg, *wp;
float r=0.30f, g=0.59f, b=0.11f;
int ir=77, ig=151, ib=28;
FILE *fp;
if(argc==1 || !strcmp(argv[1],"-h")){
puts( "Usage: bmp2xbm infilename(*.bmp) [outfilename(*.xbm)]\n" );
return 0;
}
strcpy(infname,&argv[1][0]);
sscanf(infname,"%[^.]",outfname);
strcat(outfname,".xbm");
if(sham==0) sham=sha;
if(r!=0.30f || g!=0.59f || b!=0.11f){
ir = (int)(r*256);
ig = (int)(g*256);
ib = (int)(b*256);
}
//file open
fp=fopen(infname,"rb");
if(fp==NULL){
printf("Inputfile cannot open !\n");
return 0;
}
//read bmp
for(i=0;i<2;i++) cin[i]=fgetc(fp);
if(!(cin[0]=='B' && cin[1]=='M')){
printf("Non WinBmp\n");
return 0;
}
for(i=0;i<12;i++) fgetc(fp);
for(i=0;i<4;i++) cin[i]=fgetc(fp);
t=biny(cin,1);
if(t==12){//OS2 encode
for(i=0;i<2;i++) cin[i]=fgetc(fp);
xs=biny(cin,2);
for(i=0;i<2;i++) cin[i]=fgetc(fp);
ys=biny(cin,2);
for(i=0;i<4;i++) fgetc(fp);
}
else if(t==40){//RGB encode
for(i=0;i<4;i++) cin[i]=fgetc(fp);
xs=biny(cin,2);
for(i=0;i<4;i++) cin[i]=fgetc(fp);
ys=biny(cin,2);
for(i=0;i<28;i++) fgetc(fp);
}
else{
printf("I don't read %s...\n",infname);
return 0;
}
wimg = (int *)malloc(sizeof(int)*xs*ys);
srand(time(NULL));
// BMP
//decode RGB//
l = xs & 0x03;
for(j=ys-1; j>=0; j--){
wp = wimg+xs*j;
for(i=0; i
c=fgetc(fp); *wp = (c&0xff)*ib;
c=fgetc(fp); *wp += (c&0xff)*ig;
c=fgetc(fp); *wp += (c&0xff)*ir;
*wp >>= 8;
if(var) *wp += (rand()%(var+1)) - (var>>1);
if(i==xs-1) for(k=0;k
}
}
fclose(fp);
if(sha){
int *rimg;
rimg = (int *)malloc(sizeof(int)*xs*ys);
memset(rimg, 0, sizeof(int)*xs*ys);
for(j=1; j
for(i=1; i
wp = wimg+xs*j+i;
t=0;
for(y=-1; y<=1; y++){
for(x=-1; x<=1; x++){
t += *(wp+xs*y+x);
}
}
*(rimg+xs*j+i) = abs(t - (*wp)*9) * sha;
}
}
if(dist>0){
wp = wimg;
wimg = rimg;
rimg = wp;
}
else if(sham) for(i=0;i
free(rimg);
}
if(mos>0){
for(j=0; j
for(i=0; i
wp = wimg + xs*j + i;
set=0;
t=0;
for(y=0; y
if(j+y>=ys) break;
for(x=0; x
if(i+x>=xs) break;
t += *(wp+xs*y+x);
set++;
}
}
t /= set;
for(y=0; y
if(j+y>=ys) break;
for(x=0; x
if(i+x>=xs) break;
*(wp+xs*y+x) = t;
}
}
}
}
}
if(cut!=THRESHOLD){
for(i=0,wp=wimg; i
*wp -= cut - THRESHOLD;
}
}
// 0--255
for(i=0,wp=wimg; i
if(*wp>0xFF) *wp=0xFF;
else if(*wp<0) *wp=0;
}
// BMP
if(opp==0){
for(i=0,wp=wimg; i
*wp = 0xFF - *wp;
}
}
uimg = (char *)malloc(sizeof(char)*xs*ys);
memset(uimg, 0, sizeof(char)*xs*ys);
for(i=0;i
if(wimg[i]>=THRESHOLD){
uimg[i]=1;
}
}
free(wimg);
if(block>0){
char *up;
for(j=0,k=0;j
for(i=0,l=k;i
for(y=0;y
if(j+y>=ys) break;
for(x=0;x
if(i+x>=xs) break;
if(l&1){
up = uimg+xs*(j+y)+i+x;
*up = 1 - *up;
}
}
}
}
}
}
// XBM
i = write_image(outfname, uimg, xs, ys);
if(i<0) printf("ERROR Lv %d\n", i);
free(uimg);
return 0;
}
/* EOF */